La procédure d'amorçage du DOS est définie dans les fichiers autoexec.bat et config.sys situés dans la racine de votre lecteur "C:". Avant de les modifier il est vivement conseillé d'en faire une copie de sauvegarde.
Pour désactiver une ligne dans un de ces deux fichiers il n'est pas nécessaire d'effacer la ligne correspondant à cette commande, il suffit de rajouter la commande "rem" (mise en remarque) en début de ligne.

Config.sys

Le fichier config.sys est un fichier texte qui charge les gestionnaires de périphérique et définit la configuration de MS-DOS.

• device permettent de charger les gestionnaires de périphériques
• devicehigh charge le gestionnaire de périphérique dans la zone de mémoire supérieure
• dos définit la zone de mémoire dans laquelle le DOS se chargera
• drivparm définit les caractéristiques d'une unité de disque
• fcbs définit le nombre de blocs de contrôle de fichier
• files définit le nombre de fichiers pouvant être ouverts simultanément
• install exécute un programme résident (TSR, Terminate and stay resident)
• lastdrive spécifie le nombre d'unités valides
• shell indique qu'un interpréteur de commandes autre que COMMAND.COM doit être utilisé
• stacks spécifie la quantité de mémoire réservée au traitement des interruptions matérielles

Autoexec.bat

Le fichier autoexec.bat est (comme son extension l'indique) un fichier batch, c'est-à-dire que c'est un fichier texte qui contient l'ensemble des commandes exécutées les unes à la suite des autres, chacune d'entre-elle étant sur une nouvelle ligne du fichier.
Exemples de commandes pouvant être inclues dans le fichier autoexec.bat (n'importe quel programme fonctionnant sous DOS peut être inclu dans ce fichier)

• la commande path indique à MS-DOS les répertoires dont les fichiers peuvent être accessible à partir d'un autre répertoire.
• la commande prompt définit le type d'invite MS-DOS
• la commande doskey permet de remonter grâce aux touches du pavé directionnel dans les commandes précédemment exécutées.

Faire un menu de démarrage

Il est possible pour les systèmes fonctionnant sous dos, windows95 ou 98 de faire un menu de démarrage dans lequel on peut choisir les périphériques qui seront chargés sous dos, et même (dans le cas de windows 95 ou 98) de choisir au démarrage d'amorcer le système sous windows ou bien sous dos. Il suffit de modifier les fichiers config.sys et autoexec.bat (et dans le cas de windows le fichier msdos.sys) pour pouvoir choisir entre dos et windows.

modification du fichier config.sys

Pour pouvoir choisir par exemple entre windows et dos au démarrage, le fichier config.sys doit être modifié de la manière suivante:

[COMMON]
FILES=40
Country=033,850,C:\WINDOWS\COMMAND\country.sys
 
[MENU]
REM *********MENU DE DEMARRAGE*************************************
MENUITEM=1, Dos
MENUITEM=2, Windows 98
 
REM ***********OPTIONS*************************************************
MENUCOLOR=15,0
MENUDEFAULT=2 ,4

[1]
contenu du fichier config.sys que vous souhaitez utiliser dans la configuration 1

[2]
contenu du fichier config.sys que vous souhaitez utiliser dans la configuration 2

explication des modifications du config.sys

[COMMON] contient les informations du fichier config.sys qui seront communes aux configurations 1 et 2.

[MENU] contient les intitulés des éléments du menu (ici dos et windows98) ainsi que les options du menu:

• la couleur du fond (ici 15) et la couleur du texte (ici 0)
• l'élément lancé en cas de non choix (ici la 2^ème) au bout d'un temps déterminé (ici 4 secondes)

modification du fichier autoexec.bat

Le fichier autoexec.bat doit être modifié de la manière suivante:

goto %config%
 
:1
contenu du fichier autoexec.bat de la configuration 1
goto fin
 
:2
contenu du fichier autoexec.bat de la configuration 2
win
goto fin
 
:fin
(éléments communs aux deux configurations)

explication des modifications de l'autoexec.bat

la modification du fichier autoexec.bat n'est pas compliquée, elle contient deux sections dans lesquelles le système se dirige suivant votre choix dans le config.sys (car le système traite d'abord le fichier config.sys).

modification du fichier msdos.sys

Au cas ou vous désireriez choisir entre dos et windows il faudrait éditer le fichier msdos.sys, en prenant soin de désactiver l'attribut lecture seule, ajouter ou modifier les lignes suivantes:
[Options]
BootMulti=1
BootGUI=0
 
puis ajouter à la fin de la configuration correspondant à Windows dans le fichier autoexec.bat la ligne "win" qui permettra le chargement ou non de windows suivant le choix effectué.